| ID | 花名 | 和名 | 科 | 属 |
| 1081 | シキミ | 樒 | シキミ | シキミ |
| 231 | シシウド | 猪独活 | セリ | シシウド |
| 1118 | シジミバナ | 蜆花 | バラ | シモツケ |
| 1107 | シソバタツナミ | 紫蘇葉立浪草 | シソ | タツナミソウ |
| 1079 | シデコブシ | 四手辛夷、幣辛夷 | モクレン | モクレン |
| 998 | シデシャジン | 四手沙参 | キキョウ | シデシャジン |
| 260 | シナノオトギリ | 信濃弟切 | オトギリソウ | オトギリソウ |
| 380 | シナノキンバイ | 信濃金梅 | キンポウゲ | キンバイソウ |
| 392 | シナノナデシコ | 信濃撫子 | ナデシコ | ナデシコ |
| 1083 | シナマンサク | 支那満作 | マンサク | マンサク |
| 939 | シモツケ | 下野 | バラ | シモツケ |
| 304 | シモツケソウ | 下野草 | バラ | シモツケソウ |
| 157 | シモバシラ | 霜柱 | シソ | シモバシラ |
| 457 | シャガ | 著莪、射干 | アヤメ | アヤメ |
| 1187 | シャクチリソバ | 赤地利蕎麦 | タデ | ソバ |
| 795 | ジャノヒゲ | 蛇の髭 | ユリ | ジャノヒゲ |
| 933 | シャリンバイ | 車輪梅 | バラ | |
| 992 | シュウカイドウ | 秋海棠 | シュウカイドウ | シュウカイドウ |
| 133 | ジュウニヒトエ | 十二単 | シソ | キランソウ |
| 361 | シュウメイギク | 秋明菊 | キンポウゲ | イチリンソウ |
| 443 | シュンラン | 春蘭 | ラン | シュンラン |
| 466 | ショウジョウバカマ | 猩々袴 | ユリ | ショウジョウバカマ |
| 463 | シライトソウ | 白糸草 | ユリ | シライトソウ |
| 213 | シラタマノキ | 白玉木 | ツツジ | シラタマノキ |
| 383 | シラネアオイ | 白根葵 | シラネアオイ | シラネアオイ |
| 1000 | シラヤマギク | 白山菊 | キク | シオン |
| 440 | シラン | 紫蘭 | ラン | シラン |
| 898 | シロツメクサ | 白詰草 | マメ | シャジクソウ |
| 68 | シロバナタンポポ | 白花蒲公英 | キク | タンポポ |
| 973 | シロバナニガナ | 白花苦菜 | キク | ニガナ |
| 295 | シロバナノヘビイチゴ | 白花蛇苺 | バラ | オランダイチゴ |
| 731 | シロバナマンジュシャゲ | 白花曼珠沙華 | ヒガンバナ | リコリス |
| 905 | ジロボウエンゴサク | 次郎坊延胡索 | ケシ | キケマン |
| 1121 | シロヤシオ | 白八汐 | ツツジ | ツツジ |
| 1115 | シロヤマブキ | 白山吹 | バラ | シロヤマブキ |
| 1002 | シロヨメナ | 白嫁菜 | キク | シオン |
| 1021 | ジンジソウ | 人字草 | ユキノシタ | ユキノシタ |
| 1143 | ジンチョウゲ | 沈丁花 | ジンチョウゲ | ジンチョウゲ |