| 所在地 | 指定 | 名称 | 樹種 |
| 葛飾区 | 区 | 金蓮院の羅漢槇 | ラカンマキ |
| 区 | 東水元熊野神社の椨の木 | タブノキ | |
| 区 | 葛西神社の公孫樹 | イチョウ | |
| 区 | 新宿日枝神社の銀杏 | イチョウ | |
| 区 | 吉田家のクスノキ | クスノキ | |
| 区 | 高木神社の銀杏 | イチョウ | |
| 荒川区 | 都 | 延命院の椎 | スダジイ |
| 江戸川区 | 国 | 善養寺の影向の松 | マツ |
| 大田区 | 都 | 秋葉の黒松 | クロマツ |
| 北 区 | 都 | 王子神社の銀杏 | イチョウ |
| 世田谷区 | 都 | 九品仏の銀杏 | イチョウ |
| 都 | 九品仏の榧 | カヤ | |
| 都 | 善養寺の榧 | カヤ | |
| 台東区 | − | 上野公園の桜 | サクラ |
| 保 | 大雄寺の楠 | クスノキ | |
| 港 区 | 国 | 善福寺の逆さ銀杏 | イチョウ |
| 都 | 旧細川鄭のスタジイ | スダジイ | |
| 区 | 赤坂氷川神社の大銀杏 | イチョウ | |
| − | 芝公園の楠 | クスノキ | |
| 都 | 芝東照宮の公孫樹 | イチョウ | |
| − | グラント松 | ヒマラヤスギ | |
| 区 | 増上寺の榧 | カヤ | |
| − | 国立自然教育園の椎 | シイノキ | |
| − | 大蛇の松 | マツ | |
| − | 増上寺の桜 | サクラ | |
| 新宿区 | − | 新宿御苑の桜 | サクラ |
| 目黒区 | (都) | 大鳥神社の大赤樫 | アカガシ |
| 千代田区 | − | 日比谷公園の首かけ銀杏 | イチョウ |
| − | 日枝神社の銀杏 | イチョウ | |
| − | 千鳥ヶ淵の桜 | サクラ | |
| 文京区 | 保 | 本郷弓町の楠 | クスノキ |
| 保 | 栄松院の椎 | スダジイ | |
| − | 後楽園のしだれ桜 | サクラ | |
| − | 播磨坂の桜 | サクラ | |
| − | 湯島聖堂のカイノキ | カイノキ | |
| − | 六義園の枝垂桜 | サクラ | |
| − | 善光寺坂の椋 | ムクノキ | |
| 豊島区 | 都 | 雑司ケ谷鬼子母神の公孫樹 | イチョウ |
| 保 | 天祖神社の夫婦公孫樹 | イチョウ | |
| − | 染井霊園の桜 | サクラ | |
| 板橋区 | 区 | 諏訪神社の瘤欅 | ケヤキ |
| 区 | 赤塚諏訪神社の夫婦銀杏 | イチョウ | |
| 区 | 稲荷神社の椋 | ムク | |
| 区 | 松月院の柊 | ヒイラギ | |
| 区 | 小豆沢神社のスダジイ | スダジイ | |
| 練馬区 | 国 | 白山神社の大欅 | ケヤキ |
| 名 | 江古田浅間神社の欅 | ケヤキ | |
| 名 | 妙延寺の銀杏 | イチョウ | |
| 区 | 井頭の柳 | ヤナギ | |
| 品川区 | 区 | 光福寺の銀杏 | イチョウ |
| 区 | 大龍寺の椎 | スダジイ | |
| 区 | 誕生八幡神社の銀杏 | イチョウ | |
| 区 | 品川寺の銀杏 | イチョウ | |
| 区 | 仙台坂の椨の木 | タブノキ | |
| 区 | 鹿島神社の椨の木 | タブノキ | |
| 区 | 鹿島神社の赤樫 | アカガシ | |
| 区 | 滝王子稲荷神社の椨 | タブノキ | |
| 清瀬市 | 市 | 下宿八幡神社の欅 | ケヤキ |
| 市 | 日枝神社の杉 | スギ | |
| 青梅市 | 国 | 神代欅 | ケヤキ |
| 都 | 塩船観音の大杉 | スギ | |
| − | 神代銀杏 | イチョウ | |
| 市 | 滝本の大杉 | スギ | |
| − | 御岳の夫婦杉 | スギ | |
| − | 御岳の子授檜 | ヒノキ | |
| − | 御岳の安産杉 | スギ | |
| − | 御岳の大藤 | フジ | |
| 市 | 一里塚の榎 | エノキ | |
| 市 | 石神の大銀杏 | イチョウ | |
| 市 | 横吹の大犬樟 | イヌグス | |
| 市 | 海禅寺の楠 | クスノキ | |
| あきる野市 | 都 | 広徳寺の榧 | カヤ |
| 都 | 広徳寺の多羅葉 | タラヨウ | |
| − | 広徳寺の銀杏 | イチョウ | |
| 都 | 地蔵院の鹿子の木 | カゴノキ | |
| 市 | 地蔵院の榧 | カヤ | |
| 市 | 秋川神明社の杉 | スギ | |
| (市) | 法林寺の白樫 | シロガシ | |
| 市 | 二宮神社の藤 | フジ | |
| (市) | 熊野神社の欅 | ケヤキ | |
| 日の出町 | 国 | 幸神神社の枝垂赤四手 | アカシデ |
| 東村山市 | 都 | 梅岩寺の欅 | ケヤキ |
| 奥多摩町 | 都 | 倉沢の檜 | ヒノキ |
| 都 | 氷川神社の三本杉 | スギ | |
| 都 | 古里附の犬樟 | タブノキ | |
| 町 | 小丹波の犬樟 | タブノキ | |
| 町 | 梅沢の犬樟 | タブノキ | |
| − | 大楢峠の小楢 | コナラ | |
| 2013/08/12：８２件 | |||
( )：天然記念物など指定時と著しく変貌