| ID | 花名 | 和名 | 科 | 属 |
| 1136 | ヤエドクダミ | 八重毒溜 | ドクダミ | ドクダミ |
| 96 | ヤエムグラ | 八重葎 | アカネ | ヤエムグラ |
| 1031 | ヤエヤマブキ | 八重山吹 | バラ | ヤマブキ |
| 78 | ヤクシソウ | 薬師草 | キク | オニタビラコ |
| 314 | ヤグルマソウ | 矢車草 | ユキノシタ | ヤグルマソウ |
| 715 | ヤチトリカブト | 谷地鳥兜 | キンポウゲ | トリカブト |
| 716 | ヤツガタケアザミ | 八ヶ岳薊 | キク | アザミ |
| 741 | ヤッコソウ | 奴草 | ヤッコソウ | ヤッコソウ |
| 1182 | ヤツタカネアザミ | 八高嶺薊 | キク | アザミ |
| 1202 | ヤツデ | 八手 | ウコギ | ヤツデ |
| 883 | ヤナギタデ | 柳蓼 | タデ | イヌタデ |
| 1378 | ヤナギトラノオ | 柳虎の尾 | サクラソウ | オカトラノオ |
| 876 | ヤナギハナガサ | 柳花笠 | クマツヅラ | クマツヅラ |
| 238 | ヤナギラン | 柳蘭 | アカバナ | ヤナギラン |
| 1293 | ヤノネグサ | 矢の根草 | タデ | イヌタデ |
| 894 | ヤハズソウ | 矢筈草 | マメ | ヤハズソウ |
| 767 | ヤハズハハコ | 矢筈母子 | キク | ヤマハハコ |
| 1370 | ヤハズヒゴタイ | 矢筈平江帯 | キク | トウヒレン |
| 1094 | ヤブイチゲ | 藪一華 | キンポウゲ | イチリンソウ |
| 474 | ヤブカンゾウ | 薮萱草 | ユリ | ワスレグサ |
| 1148 | ヤブコウジ | 藪柑子 | ヤブコウジ | ヤブコウジ |
| 1253 | ヤブサンザシ | 藪山査子 | ユキノシタ | スグリ |
| 963 | ヤブジラミ | 藪虱 | セリ | ヤブジラミ |
| 1185 | ヤブタバコ | 藪煙草 | キク | ガンクビソウ |
| 768 | ヤブタビラコ | 藪田平子 | キク | オニタビラコ |
| 1027 | ヤブツバキ | 藪椿 | ツバキ | ツバキ |
| 885 | ヤブツルアズキ | 藪蔓小豆 | マメ | ササゲ |
| 1058 | ヤブデマリ | 藪手毬 | スイカズラ | ガマズミ |
| 1039 | ヤブニンジン | 藪人参 | マメ | ヤブニンジン |
| 887 | ヤブマメ | 藪豆 | マメ | ヤブマメ |
| 516 | ヤブミョウガ | 藪茗荷 | ツユクサ | ヤブミョウガ |
| 1130 | ヤブムラサキ | 藪紫 | クマツヅラ | ムラサキシキブ |
| 426 | ヤブラン | 藪蘭 | ユリ | ヤブラン |
| 35 | ヤブレガサ | 破れ傘 | キク | ヤブレガサ |
| 1137 | ヤマアジサイ | 山紫陽花 | ユキノシタ | アジサイ |
| 337 | ヤマエンゴサク | 山延胡索 | ケマンソウ | キケマン |
| 377 | ヤマオダマキ | 山苧環 | キンポウゲ | オダマキ |
| 332 | ヤマガラシ | 山芥子 | アブラナ | ヤマガラシ |
| 968 | ヤマクワガタ | 山鍬形 | ゴマノハグサ | クワガタソウ |
| 408 | ヤマゴボウ | 山牛蒡 | ヤマゴボウ | ヤマゴボウ |
| 1233 | ヤマザクラ | 山桜 | バラ | サクラ |
| 148 | ヤマジソ | 山紫蘇 | シソ | イヌコウジュ |
| 816 | ヤマジノホトトギス | 山路の杜鵑草 | ユリ | ホトトギス |
| 386 | ヤマシャクヤク | 山芍薬 | ボタン | ボタン |
| 807 | ヤマゼリ | 山芹 | セリ | ヤマゼリ |
| 720 | ヤマトユキザサ | 大和雪笹 | ユリ | ユキザサ |
| 375 | ヤマトリカブト | 山鳥兜 | キンポウゲ | トリカブト |
| 1267 | ヤマナシ | 山梨 | バラ | ナシ |
| 1236 | ヤマニガナ | 山苦菜 | キク | アキノノゲシ |
| 316 | ヤマネコノメソウ | 山猫の目草 | ユキノシタ | ネコノメソウ |
| 811 | ヤマハギ | 山萩 | マメ | ハギ |
| 159 | ヤマハッカ | 山薄荷 | シソ | ヤマハッカ |
| 526 | ヤマハハコ | 山母子 | キク | ヤマハハコ |
| 1030 | ヤマブキ | 山吹 | バラ | ヤマブキ |
| 296 | ヤマブキショウマ | 山吹升麻 | バラ | ヤマブキショウマ |
| 342 | ヤマブキソウ | 山吹草 | ケシ | クサノオウ |
| 945 | ヤマボウシ | 山法師 | ミズキ | ミズキ |
| 84 | ヤマホタルブクロ | 山蛍袋 | キキョウ | ホタルブクロ |
| 467 | ヤマホトトギス | 山杜鵑草 | ユリ | ホトトギス |
| 961 | ヤマホロシ | 山保呂之 | ナス | ナス |
| 489 | ヤマユリ | 山百合 | ユリ | ユリ |
| 482 | ヤマラッキョウ | 山辣韮 | ユリ | ネギ |
| 804 | ヤマルリソウ | 山瑠璃草 | ムラサキ | ルリソウ |
| 853 | ヤマルリトラノオ | 山瑠璃虎尾 | ゴマノハグサ | ルリトラノオ |