| ID | 花名 | 和名 | 科 | 属 |
| 12 | ミズギク | 水菊 | キク | オグルマ |
| 524 | ミズバショウ | 水芭蕉 | サトイモ | ミズバショウ |
| 420 | ミズヒキ | 水引 | タデ | タデ |
| 565 | ミスミソウ | 三角草 | キンポウゲ | スハマソウ |
| 140 | ミソガワソウ | 味噌川草 | シソ | イヌハッカ |
| 417 | ミゾソバ | 溝蕎麦 | タデ | イヌタデ |
| 178 | ミツガシワ | 三槲 | リンドウ | ミツガシワ |
| 385 | ミツバオウレン | 三葉黄蓮 | キンポウゲ | オウレン |
| 827 | ミツバツチグリ | 三葉土栗 | バラ | キジムシロ |
| 1218 | ミツバツツジ | 三葉躑躅 | ツツジ | ツツジ |
| 805 | ミツマタ | 三椏、三叉 | ジンチョウゲ | ミツマタ |
| 527 | ミネウスユキソウ | 峰薄雪草 | キク | ウスユキソウ |
| 1375 | ミネカエデ | 峰楓 | カエデ | カエデ |
| 212 | ミネズオウ | 峰蘇芳 | ツツジ | ミネズオウ |
| 522 | ミミガタテンナンショウ | 耳形天南星 | サトイモ | テンナンショウ |
| 20 | ミヤマアキノキリンソウ | 深山秋の麒麟草 | キク | アキノキリンソウ |
| 183 | ミヤマアケボノソウ | 深山曙草 | リンドウ | ミヤマアケボノソウ |
| 23 | ミヤマアズマギク | 深山東菊 | キク | シオン |
| 701 | ミヤマイワニガナ | 深山岩苦菜 | キク | ニガナ |
| 534 | ミヤマウイキョウ | 深山茴香 | セリ | シラネニンジン |
| 6 | ミヤマウスユキソウ | 深山薄雪草 | キク | ウスユキソウ |
| 1367 | ミヤマウツボグサ | 深山靫草 | シソ | ウツボグサ |
| 508 | ミヤマエンレイソウ | 深山延齢草 | ユリ | エンレイソウ |
| 376 | ミヤマオダマキ | 深山苧環 | キンポウゲ | オダマキ |
| 528 | ミヤマオトコヨモギ | 深山男蓬 | キク | ヨモギ |
| 1386 | ミヤマガマズミ | 深山莢? | スイカズラ | ガマズミ |
| 702 | ミヤマカラマツ | 深山唐松 | キンポウゲ | カラマツソウ |
| 703 | ミヤマキスミレ | 深山黄菫 | スミレ | スミレ |
| 299 | ミヤマキンバイ | 深山金梅 | バラ | キジムシロ |
| 365 | ミヤマキンポウゲ | 深山金鳳花 | キンポウゲ | キンポウゲ |
| 110 | ミヤマクワガタ | 深山鍬形 | ゴマノハグサ | クワガタソウ |
| 532 | ミヤマコゴメグサ | 深山小米草 | ゴマノハグサ | コゴメグサ |
| 122 | ミヤマシオガマ | 深山塩竃 | ゴマノハグサ | シオガマギク |
| 1050 | ミヤマシキミ | 深山樒 | ミカン | ミヤマシキミ |
| 706 | ミヤマシャジン | 深山沙参 | キキョウ | ツリガネニンジン |
| 303 | ミヤマダイコンソウ | 深山大根草 | バラ | ミヤマダイコンソウ |
| 603 | ミヤマダイモンジソウ | 深山大文字草 | ユキノシタ | ユキノシタ |
| 330 |
ミヤマタネツケバナ | 深山種漬花 | アブラナ | タネツケバナ |
| 708 | ミヤマツボスミレ | 深山坪菫 | スミレ | スミレ |
| 536 | ミヤマトウキ | 深山当帰 | セリ | シシウド |
| 611 | ミヤマトリカブト | 深山鳥兜 | キンポウゲ | トリカブト |
| 1157 | ミヤマナミキ | 深山浪来 | シソ | タツナミソウ |
| 543 | ミヤマハタザオ | 深山旗竿 | アブラナ | ハタザオ |
| 170 | ミヤマハナシノブ | 深山花忍 | ハナシノブ | ハナシノブ |
| 352 | ミヤマハンショウヅル | 深山半鐘蔓 | キンポウゲ | センニンソウ |
| 612 | ミヤマハンノキ | 深山榛の木 | カバノキ | ハンノキ |
| 593 | ミヤマホツツジ | 深山穂躑躅 | ツツジ | ミヤマホツツジ |
| 712 | ミヤマママコナ | 深山飯子菜 | ゴマノハグサ | ママコナ |
| 325 | ミヤママンネングサ | 深山万年草 | ベンケイソウ | キリンソウ |
| 545 | ミヤマミミナグサ | 深山耳菜草 | ナデシコ | ミミナグサ |
| 1056 | ミヤマモジズリ | 深山文字摺 | ラン | テガタチドリ |
| 1358 | ミヤマヤマブキショウマ | 深山山吹升麻 | バラ | ヤマブキショウマ |
| 802 | ミヤマヨメナ | 深山嫁菜 | キク | ミヤマヨメナ |
| 191 | ミヤマリンドウ | 深山竜胆 | リンドウ | リンドウ |